Em Fevereiro de 2010 foi inaugurada a ligação fluvial, entre o cais de Maputo, perto da Baixa, e Matola-Rio. Este transporte visa claramente complementar os restantes transportes urbanos, permitindo uma ligação rápida à Matola e a Matola Rio. Neste trajecto operam desde então duas embarcações, com capacidade para 70 pessoas, e que inicialmente cobravam 21 ou 30 meticais, dependendo da embarcação utilizada. Cada embarcação faz 8 ligações diárias, o que equivale a um total de 16 viagens de Maputo a Matola e outras tantas em sentido inverso. Cada viagem dura cerca de 45 minutos (sem paragens), num total de cerca de 16 km. O horário de funcionamento é entre as 6h e as 21h30.
Originalmente estava programada uma paragem intermédia, na escola das pescas, e que serviria os habitantes da cidade da Matola, conforme está representado na Figura 12. No entanto esta paragem não faz parte da rota actual, fazendo-se exclusivamente a ligação entre Maputo e Matola Rio.
A receptividade pode considerar-se reduzida, já que quatro a cinco das viagens realizadas diariamente se fazem com menos de 10 passageiros. A falta de adesão por parte dos passageiros deve-se, em parte, ao valor cobrado mas, principalmente, por não haver qualquer ligação a partir dos terminais dos barcos. Contudo, as embarcações com continuam a cumprir os horários definidos originalmente.
Paralelemente a esta ligação fluvial, existem mais duas ligações a partir do mesmo cais. A ligação a Catembe, que ocorre de hora-à-hora, e a ligação à Inhaca, que acontece quatro dias por semana, pelo preço de 200 meticais.